به‌طور معمول، شکلات فاقد گلوتن است. اما برخی از افزودنی‌هایی که در ترکیب آن به‌کار می‌روند ممکن است حاوی گلوتن باشند. بنابراین، افرادی که به بیماری سلیاک یا عدم تحمل گلوتن مبتلا هستند، باید از مصرف شکلات‌هایی که شامل غلات، آرد، عصاره‌ی مالت یا سایر ترکیبات مشکوک به گلوتن هستند خودداری کنند و برچسب مواد اولیه را با دقت بررسی نمایند.

همچنین امکان دارد که شکلات، حتی بدون افزودن مستقیم گلوتن، به‌صورت ناخواسته در حین تولید در کارخانه‌هایی که محصولات گلوتن‌دار نیز تولید می‌کنند، آلوده شود. این نوع آلودگی را «آلودگی متقاطع» می‌نامند. در چنین مواردی، توصیه می‌شود افراد حساس، پیش از مصرف، با تولیدکننده تماس بگیرند.