در حالی که نان معمولی توسط یک مخمر خاص (Saccharomyces cerevisiae) تخمیر می‌شود، نان خمیرترش توسط مخلوطی از باکتری‌های لاکتیک و مخمرها تخمیر می‌شود که مزایای تغذیه‌ای بیشتری را به همراه دارد.

نان خمیر‌ترش نسبت به نان معمولی شاخص گلیسمی کمتری دارد. این بدان معناست که انرژی خود را در مدت طولانی تری به تدریج آزاد می کند و به انسولین کمتری نیاز دارد. این اثر باعث ایجاد احساس سیری طولانی‌تر می‌شود، که باعث می‌شود در بین وعده‌های غذایی از میان وعده‌ها اجتناب کنید. همچنین ویتامین‌ها و مواد معدنی موجود در نان خمیرترش راحت‌تر جذب بدن می‌شوند و بدن می‌تواند بهتر از آن‌ها استفاده کند. وجود میکروارگانیسم‌ها در خمیرترش تأثیر مفیدی بر فلور روده (یا میکروبیوتا) دارد که منجر به برخی مزایای سلامتی دستگاه گوارش می‌شود. اغلب تصور می شود که نان خمیرترش راحت تر هضم می شود، اما این به وضوح تایید نشده است.