اصلی‌ترین عامل، نوع دانه کاکائو است.
تا چند سال پیش، تنها سه نوع اصلی از کاکائو شناخته شده بود:
کریولو (Criollo): اگر به‌درستی تخمیر شود، طعم ظریف و لطیفی به شکلات می‌بخشد. با این حال، بازدهی آن در هر هکتار پایین است و به بیماری‌ها حساسیت زیادی دارد.
فوراسترو (Forastero): طعمی اندکی تلخ‌تر دارد، میوه‌های بزرگ‌تری تولید می‌کند و در برابر بیماری‌ها مقاوم‌تر است.
ترینیتاریو (Trinitario): ترکیبی یا دورگه‌ای از دو نوع قبلی است و ویژگی‌های هر دو را در خود دارد.
علاوه بر نوع دانه، روش‌های کشاورزی و مدیریت مزرعه نیز بر کیفیت دانه کاکائو تأثیر می‌گذارند؛ عواملی مانند:
فاصله‌ی بین درختان، وجود درختان سایه‌دار، نوع و میزان کوددهی، هرس کردن یا بریدن شاخه‌ها و سایر شیوه‌های مراقبت از درخت.
همچنین، فرآیند تخمیر و خشک‌کردن دانه‌ها نقش بسیار مهمی دارد.
حتی شرایط نگهداری دانه‌های خشک‌شده نیز می‌تواند بر کیفیت نهایی اثر بگذارد.
به‌تازگی، بر اساس تحلیل‌های DNA، طبقه‌بندی جدیدی از انواع کاکائو ارائه شده است که حدود ۱۰ نوع متفاوت را شناسایی می‌کند.