ماندگاری شکلات به عواملی مانند نوع شکلات (تلخ، شیری، سفید)، نوع بسته‌بندی و شرایط نگهداری بستگی دارد. در شکلات، میزان فعالیت آبی بسیار پایین است (بین ۰.۳ تا ۰.۴)، بنابراین احتمال رشد میکروبی در آن بسیار کم است. تنها خطر واقعی، وجود سالمونلا در مواد اولیه مانند پودر شیر یا دانه‌ی کاکائو است که در شرکت پوراتوس با دقت بررسی می‌شود.
شکلات تلخ واقعی: ماندگاری طولانی‌مدت دارد (حدود ۲ سال) و در شرایط مناسب، حتی تا سال‌ها قابل استفاده است.
شکلات شیری واقعی: به دلیل وجود چربی شیر، ماندگاری کوتاه‌تری دارد به نسبت تلخ دارد.
شکلات سفید: به دلیل نداشتن آنتی‌اکسیدان طبیعی کاکائو و حساسیت به نور، کمترین ماندگاری را دارد .
بسته‌بندی مناسب نقش مهمی در محافظت از شکلات در برابر نور، هوا و رطوبت دارد. برای حفظ کیفیت، نگهداری شکلات در دمای حداکثر ۲۰ درجه و رطوبت نسبی کمتر از ۶۰ درصد توصیه می‌شود.