آلرژی واقعی به کاکائو، ماده‌ی اصلی شکلات، بسیار نادر است. با این حال، بسیاری از مواد افزودنی که در تهیه شکلات استفاده می‌شوند، می‌توانند آلرژی‌زا باشند. به‌عنوان مثال، شکلات شیری و سفید شامل شیرخشک هستند که ممکن است برای برخی افراد حساسیت ایجاد کند. همچنین، استفاده از لسیتین سویا در شکلات می‌تواند برای افرادی که به سویا حساسیت دارند، مشکل‌ساز شود. سایر مواد آلرژی‌زایی که گاهی در شکلات به کار می‌روند شامل بادام‌زمینی، مغزها، توت‌ها و گندم هستند.
در بسیاری از کشورها، تولیدکنندگان موظف‌اند ترکیبات آلرژی‌زا را به‌طور واضح در فهرست مواد اولیه‌ی محصولات خود درج کنند. بنابراین، به افراد دارای حساسیت توصیه می‌شود پیش از مصرف هرگونه فرآورده‌ی شکلاتی، برچسب محصول را به‌دقت مطالعه کنند.
در برخی موارد، حتی اگر ماده‌ی آلرژی‌زا به‌طور مستقیم به محصول اضافه نشده باشد، ممکن است اثرات آن به دلیل آلودگی متقاطع در طی فرآیند تولید وارد محصول شود. این وضعیت زمانی رخ می‌دهد که شکلات با تجهیزاتی تولید شود که پیش‌تر برای محصولاتی حاوی آلرژن استفاده شده‌اند. به همین دلیل، برخی تولیدکنندگان عبارت «ممکن است حاوی مقادیر ناچیزی از... باشد» را روی بسته‌بندی درج می‌کنند. در صورت هرگونه تردید، توصیه می‌شود افراد مبتلا به آلرژی با تولیدکننده تماس بگیرند.